1. شایعترین نوع آلودگی PCR چیست؟

پاسخ: شایعترین نوع آلودگی، آلودگی متقاطع با محصول PCR قبلی (Carry-over Contamination) است. این آلودگی از طریق آئروسلها، ابزارآلات مشترک یا دستکشهای آلوده منتقل میشود و به دلیل قابلیت تکثیر بالای آمپلیکونها، میتواند منجر به نتایج کاذب مثبت شود.

2. چگونه میتوانم یک منطقه کاری عاری از آلودگی برای PCR ایجاد کنم؟

پاسخ: برای ایجاد یک منطقه عاری از آلودگی (Clean Zone)، باید از جداسازی فیزیکی (مناطق Pre-PCR و Post-PCR)، استفاده از ابزارآلات و پیپتهای اختصاصی برای هر منطقه، استفاده از سرسمپلرهای فیلتردار، و تمیز کردن منظم سطوح کار با محلولهای دنابزدا استفاده کنید. کار در هود لامینار نیز به شدت توصیه میشود.

3. آیا میتوانم با استفاده از UV، آلودگی DNA را از بین ببرم؟

پاسخ: بله، تابش اشعه UV میتواند پیوندهای پریمیدین دایمر را در DNA تشکیل دهد و DNA را تخریب کند، که به کاهش آلودگی کمک میکند. میتوانید هود لامینار و برخی ابزارآلات را با UV ضدعفونی کنید. با این حال، UV بر RNA مؤثر نیست و DNA الگو یا پرایمرها را نباید مستقیماً در معرض UV قرار داد، زیرا به آنها آسیب میرساند.پاسخ: بله، RNase Inhibitor در این شرایط بسیار حیاتی است. حتی RNA با کیفیت پایین نیز ارزش حفظ شدن را دارد. RNase Inhibitor با غیرفعال کردن آنزیمهای RNase که ممکن است در نمونه یا معرفها وجود داشته باشند، از تخریب بیشتر RNA در طول واکنش سنتز cDNA جلوگیری میکند و به بهبود راندمان سنتز کمک شایانی میکند.

4. نقش NTC (No Template Control) در شناسایی آلودگی PCR چیست؟

پاسخ: NTC یک کنترل منفی حیاتی است که در آن به جای DNA الگو، آب RNase/DNase-free اضافه میشود. اگر در NTC باندی مشاهده شود، این به وضوح نشاندهنده آلودگی PCR در معرفها، محیط کار یا Pipetting است که باید فوراً شناسایی و رفع شود.

5. آیا استفاده از Master Mix به تنهایی برای جلوگیری از آلودگی کافی است؟

پاسخ: خیر، Master Mix به تنهایی کافی نیست اما یک ابزار بسیار مؤثر است. Master Mix با کاهش مراحل Pipetting، خطر آلودگی را به شدت کاهش میدهد، اما همچنان باید اصول سختگیرانه تمیزی، استفاده از ابزارآلات اختصاصی و کنترلهای مناسب را رعایت کنید. Master Mix یک جزء کلیدی در یک استراتژی جامع ضد آلودگی است، نه جایگزینی برای آن.