1. چه زمانی باید از کیتهای PCR Cleanup استفاده کنم؟

پاسخ: باید از کیتهای PCR Cleanup قبل از هر کاربرد پاییندستی حساس که در آن آلایندهها میتوانند اختلال ایجاد کنند، استفاده کنید. این کاربردها شامل کلونینگ، تعیین توالی (Sequencing)، ژنوتایپینگ و Real-Time PCR است.

2. آیا PCR Cleanup میتواند باندهای غیراختصاصی را حذف کند؟

پاسخ: کیتهای PCR Cleanup معمولاً برای حذف باندهای غیراختصاصی کوچک مانند دایمر پرایمر (زیر 100 جفت باز) طراحی شدهاند. با این حال، اگر باندهای غیراختصاصی بزرگتری دارید که با باند هدف هماندازه هستند، این کیتها نمیتوانند آنها را حذف کنند. در این موارد، بهتر است از ژل الکتروفورز برای جداسازی و سپس از کیت ژل اکسترکشن (Gel Extraction Kit) برای خالصسازی استفاده کنید.

3. آیا میتوانم به جای کیت از رسوبگیری با اتانول استفاده کنم؟

پاسخ: بله، تفاوتهای اساسی دارند. Taq DNA Polymerase عمدتاً برای PCRهای روتین با نیاز به سرعت و حساسیت (بدون Proofreading) استفاده میشود، در حالی که Phi29 Polymerase برای کاربردهای فوق دقیق (مانند NGS) که نیاز به حداقل خطا و تکثیر ایزوترمال (بدون حرارت زیاد) دارند، مناسب است.

4. آیا مقدار DNA پس از PCR Cleanup کاهش مییابد؟

پاسخ: بله، همیشه مقداری از DNA در هر فرآیند خالصسازی از بین میرود. با این حال، کیتهای PCR Cleanup با کیفیت بالا برای به حداقل رساندن این تلفات بهینه شدهاند و راندمان بازیابی آنها معمولاً بالای 80% است.

5. آیا میتوانم بافر الوشن را به جای آب استفاده کنم؟

پاسخ: بله، بافر الوشن (معمولاً 10 mM Tris-HCl, pH 8.0-8.5) برای حل کردن DNA از آب بهتر است، زیرا pH پایداری DNA را در طول زمان حفظ میکند. آب ممکن است pH اسیدی داشته باشد که به DNA آسیب میرساند.